不过匆匆一面,两人便又分离。
第二天，李穆便率军离开建康,开往教乱猖獗的东南之地，
李穆的战神之名，南朝原本人尽皆知，谁人不知他收复长安的壮举？如今这支应天军,军容整齐，军纪严明，一路所过,不但对百姓秋毫无犯，开到被教乱占领的阳羡，收复了当地之后,见田地荒废，沟渠淤塞，从前在义成开过荒的士兵还帮助民众垦田清渠，这才离去。
大虞这些年,内乱不断。民众也是被打着各种旗号的朝廷军给弄怕了,不管是哪家，哪怕是高氏的广陵军,保不齐倒霉,万一遇到兵痞，一听到有大军要拔过,往往先要将家中钱粮藏起,再远远观望,免得被路过的军队撞见了，以征借军粮的名义借走，须知一旦借走，往往就是有去无回。
但是这一次，随着应天军美名的传扬开来，情况和从前却大相径庭。
李穆每打到一处，民众必夹道相迎，说起教乱之苦，人人咬牙，不但许多人主动充当探子，时刻向军队报告天师教兵的动静，那些家中稍有余粮的，遇军队驻扎之时，非但不藏，还会将先前为躲避教乱埋起的粮食刨出来犒军。李穆若是推脱不过收了，也不会白取，当场予钱，不少分毫。
李穆深知，天师教乱之所以险些掀翻了半个朝廷，究其主要原因，还是受那吴仓蒙蔽而听凭驱策的教众实在太多。以吴地为例，据官府计，几乎每两户之中，就有一户教众。吴仓起事后，跟随他四处游走的教兵，人数最多之时，竟高达惊人的数十万之众，往往这里还没扑灭，另地又起变乱，顾此失彼，灭之不绝，这才酿出了如此大的变乱。
为了瓦解教兵，除了打仗，李穆特意还从军队里挑了一批能言善戏之人，每到一处，便于集市热闹之处向民众演示所谓吞火、吞刀，刀枪不入的手段，以揭穿吴仓用来蒙骗信众的伎俩。演示完毕，又叫人四处宣扬，普通教众本是百姓，乃是受了蒙蔽，原本无罪，但凡退教者，往后不会追究从乱之罪，而且，若能从上家信头那里逃回当初奉出去的家财和粮食，官府一分不取，全部归于那人所有。
吴仓深谙驭人之术，利用民众畏惧鬼神，迷信崇拜的心理，起事之后，将教民化为教兵，对底层的教众，半是威胁，为是诱骗。那些教众当初入教，因相信所谓的教人一家，无不踊跃捐奉家资，带着全家老小一道入教，被掏空家底的，也不在少数。如今或是被断了退路，或是被吴仓许下的所谓日后的好处给迷了眼，这才随他作乱。眼见情势不对，即便是想退出，也是无路可走，只能咬牙硬着头皮跟从。
李穆如此宣扬，那些摇摆不定之人，谁不动心？又传言，某地一些教民在当地香主那里索回了当初奉出的钱粮，如今已经带着家人回乡种地，官府果然既往不咎。
消息一传十，十传百。没过多久，李穆的军队开往会稽之时，军队还没到，城里的教兵风闻李穆大军要来，自己先便乱了起来，根本无心作战，纷纷去追当初介绍自己入教的头领，索要捐贡，一级一级闹上去，那些头领被人追索，见势不妙，连夜纷纷逃走，等李穆到达，几乎没怎么费力，便拿下了这座东南大郡。
便是如此，靠着民众支持、对底层教兵的分化以及军士的善战，不过短短数个月的时间，到了次年的三月，李穆便将天师教乱最猖獗的吴地收归所有，继而又收复了包括丹扬、钱塘、新安等在内的十几个郡县。
吴仓此时已经失去了大部分落入手中的郡县，手下教兵日益减少，犹如丧家之犬，被逼带着先前搜刮过来的财宝一路南逃，最后退到临海郡，再无路可退，一场困兽之斗，与一起作乱的兄弟被杀。
到此，这场从去年秋开始，一直祸绵到这年四月的大规模的教乱，终于平息。
东南那些曾落入教乱之手的郡县，全部回归朝廷。民众对李穆爱戴有加，一些受祸最深的地方的民众，竟还起议要替他立生祠，以纪他功劳。被李穆得知，派人过去，向当地民众表示谢意，以皇帝刚驾崩不久为由，坚决予以辞拒，民众这才作罢。
当了皇帝两年都不到的东阳王萧闵，本就体质柔弱，加上平日少节制，底子虚空，在去年底曲阿被围之时，受惊过度，虽获李穆救驾，在回来的路上，又不慎感染风寒，生了病。回宫之后，太医虽多方调治，但皇帝一病不起，于正月底驾崩，四岁的太子登基。
当时李穆因了战事正紧，无法脱身，只向朝廷递了一道祭折，未能回京奔丧。
如今已经过去了三个月，东南既定，李穆派人向朝廷发去战事奏报，正准备班师回朝，却得知了一个消息。
去年底，当李穆开始前去平定棘手的东南之乱时，高峤派了建康战中阵亡的庐江太守之弟尚冲和豫章太守裴真二人领兵，前去追击兵败西逃的许泌，拟彻底消灭他的残余势力，再不给他死灰复燃的机会。
许泌引以为傲的襄阳，在此前虽然被李穆给端了，但他深谙狡兔三窟的道理，从前在经营荆州时，除了襄阳，于更上游些靠近蜀地汉中的夷陵，替自己也留了一个去处。
逃回荆州后