神龙元年，秦素刚好四十岁，秦清已经是年过花甲。
秦清登基称帝，向上追封三代，立白绣裳为皇后，秦道远为辽王、秦道方为奉王，司徒玄策异姓封王为齐王。不过对于群臣众将而言，封王都是细枝末节，关键在于太子人选，秦清膝下无子，唯有一女，按照常理来说，秦清要么是广纳嫔妃继续生儿子，要么是选择从兄弟的子嗣中过继一子，再就是直接立皇太弟，可是考虑到秦清的年龄，再生儿子也不现实，关键是秦素威望太高，功劳太大，于是秦清选择立秦素为皇太女，秦素则是过继了二叔秦道远的幼孙为子，是为皇孙。
如此一来，秦素虽然会以女子之身登基为帝，但皇位传承还是在秦家男丁之中，不会落到外姓之中，群臣虽有诽议，但也没有激烈反对。
在秦清称帝之后，许多府县几乎是望风而降，几有不战而下之势。唯有坐镇西京的张肃卿和秦襄并不响应。
此时天下棋局，只剩下三个棋手，分别是秦素、张肃卿、宋政，已经是进入最后阶段。
神龙二载，秦清坐镇帝京，奉王秦道方坐镇辽东，防范金帐，秦素亲自领兵进逼金陵府。
战事持续一年有余，直到神龙三载，秦素已经收复钱塘府、广陵府等重镇，金陵府成为孤城，宋政弃城出走，不知所踪，秦素攻克金陵府，曾经鼎盛一时的青阳教终于走向穷途末路。秦素率军沿江而上，坐镇白帝城的澹台云出降，被秦清封为蜀王，也是第二位异姓王。继而大天师张静沉请降，秦素允之，仍保留其大天师称号，加封显化大真人。
最后，只剩下张肃卿和秦襄，大势之下，两人也不得不降。
至此，天下太平。神龙四载，秦清在帝京议功，除去诸王之外，景修、胡良、云承宗、司徒玄略、张肃卿、秦襄等七人封国公爵位。封侯者三十六人，封伯者七十二人。在秦素的建议下，秦清仍旧沿袭前朝旧制，组建内阁，统摄六部，以云承宗为内阁首辅，以张肃卿为内阁次辅。云承宗老迈不堪，只是挂名，实则是张肃卿主事。设立大都督府，景修出任大都督，秦襄出任左都督。
此时的秦清已经年近古稀，无心政事，由秦素监国。秦素开始推行现世中张肃卿的新政，包括针对吏治的考成法，以及针对天下士绅的摊丁入亩和官绅一体纳粮制，此举自然引起无数人反对，秦素任命心腹为青鸾卫都督府左都督，掀起大案，株连达数万人之多，家产悉数抄没入公。
与此同时，秦素又修改税法，增加商税。
早在大晋年间时，朝廷税收中商税所比重已经超过了农税，每年商税收入两千万贯。不过大魏太祖轻贱商人，大魏太祖下令：“商贾之家只许穿布，农民之家但有一人为商贾者，亦不许穿纱”。又将商贸比同于农田耕作，“凡商税，三十而取一，过着以违令论。”
要知道，商贸与农耕不同，农田耕作由于周期长，又有着层层盘剥，所以农税在十分之一是正常，但是商业流通，一般来说，按照行业和规模的不同，税收也有所不同，少则二十取一，多则半数，太祖一概论之三十取一，实则是聊胜于无。
如此一来，商人不得不投靠士大夫，也就是官商结合，士大夫为了自己的利益，坚决抗税、逃税，皇帝如要把心思放在商税上，就是“与民争利”。
所谓“大魏失之于财”，不是商贸薄弱，而是朝廷根本收不到商税，被士林和商人共同瓜分了。
大幽继承前朝旧制，便连同前朝的税制也一并继承了，秦素自然要修改商税。此举自然又影响到了许多人的切身利益，甚至连补天宗、清微宗、慈航宗中都有些许反对声音，不过这三家的根本还是在海贸，秦素没有对海贸动手，反对的声音并不大。
经过这么多年的历练之后，秦素早已不是当年寄情于山水之间的小姑娘了，若论手腕，不逊于当年的徐无鬼，她是不会让政事变为战事的。
在杀人这方面，秦素，或者说弈棋之人李玄都，深谙一个道理，因政杀人，不是战场上的攻城掠地，而是要拉拢一派，稳一派，杀一派。
秦素自然是拉拢辽东老人，以景修、胡良、云承宗等人为首，稳住后来归附之人，以张肃卿、秦襄等人为首，这两派人都属于勋贵，也就是于问鼎天下有功之人。所杀之人，可以视之为前朝的既得利益之人，正应了司空道玄所言的得国正与不正的说法，与前朝贵族士绅牵连不大，重开天地，自然得国正，国祚绵长，反之就是得国不正。对于一众勋贵而言，秦素对这些前朝之人动手，他们不但不会兔死狐悲，反而会幸灾乐祸，你瞧，太女殿下还是向着我们这些老人，那些后来见风使舵之辈，不过是趋炎附势的小人罢了。
正因为如此，秦素不会像徐无鬼那样处处受制，反而能有所作为。
这场风波持续三年之久，直到神龙七载，才算天下大定。
只是在这场大案中，秦素彻底得罪了地方的众多世家豪阀，再加上先前秦素放松礼教对女子束缚等种种举动，使得这些地方豪族逐渐围绕在儒门的周围，一场针对秦素的阴谋开始酝酿。