大掌教不能实行继承制，不能以师徒、血缘、伴侣的关系进行继承，而是推选制，类似于上古时的禅让制。
在大掌教之下，设有三十六位真人和三位大真人，三位大真人是为副掌教，在大掌教空缺或者暂时无法履行职权时，三位副掌教轮流代行大掌教权柄，重大事宜则由三位副掌教共商而决。
三十六位真人拥有推举大掌教的资格，也拥有被推举成为大掌教或者副掌教的资格，地位尊崇，在道门位于第三层级，仅次于大掌教和三位大真人。
先前李玄都封玄真大长公主为玉盈真人，又封上官莞为栖霞真人，便在三十六位真人之列。
李玄都深知事情不能一蹴而就，先前的道门散落成二十余个宗门，现在想要一下子便将二十个宗门整合成道门是不现实的，故而他决定暂缓一步，效仿儒门的理学、心学之分，在宗门和道门之间恢复“道”一级，也就是太平道、正一道、全真道，分别对应三位大真人，三位大真人既是副掌教，又是三道首领。
正邪两道二十二个宗门，除去无道宗、道种宗、金刚宗、真言宗，还有十八个宗门。再除去静禅宗这个佛门宗派，还有十七宗，李玄都打算将蜀山剑派、唐家堡递补进来，并将两家以及其他蜀州势力合作一家，称蜀山宗，将天乐宗、浑天宗、真传宗等几个小宗并入忘情宗中，统称真传宗，总共十五个宗门。
如此便是三道十五宗，每道五个宗门。
按照李玄都的设想，太平道包括清微宗、太平宗、补天宗、皂阁宗、牝女宗。正一道包括正一宗、慈航宗、法相宗、蜀山宗、真传宗。全真道包括阴阳宗、妙真宗、东华宗、神霄宗、玄女宗。
太平道作为李玄都的嫡系，同时拥有清微宗和补天宗两大宗门，又有太平宗这个财神爷，最为势大。
正一道中的蜀山宗、真传宗皆是几方势力整合而成，实际数目远不止五宗之数，又有慈航宗这个财神爷，再加上正一宗这个老牌大宗，也不逊色太多。
如此一来，全真道虽然拥有阴阳宗这个大宗，但还是最为势弱，李玄都为平衡三方势力，将巫咸、陈眠、纳兰絮、玉盈真人归入全真道之中，使全真道不逊于另外两道。
三道之间，你中有我、我中有你，就如划分州界，犬牙交错，使其不能形成独立割据之势。
再有就是三位大真人的人选，李道虚和张静修已经飞升离世，秦清登基称帝之后，也不再适合担任大真人，李玄都则要出任大掌教，三位大真人的人选便要从一众宗主中挑选。
首先是太平道大真人，李玄都要选一个能够同时压服清微宗和补天宗之人，除了李玄都本人之外，秦素是不二人选。
其次是正一道大真人，因为白绣裳已经成为皇后的缘故，执掌两大仙物的大天师张鸾山无论身份资历还是境界修为，都是最合适人选。
最后是全真大大真人，李玄都决定让上官莞以地师身份出任，一则是因为上官莞立有大功，二则是上官莞境界修为极高，三则是上官莞更为年轻。同时李玄都决定保留上官莞的栖霞真人身份，这是秦素和张鸾山不能相比的。
至于张鸾山和上官莞的联姻，考虑到两人的境界修为，多半没有子嗣，倒是不怕两人会形成世袭门阀。
为此，李玄都还专门询问过上官莞的意见，上官莞得知自己能够出任大真人后，大喜过望，主动提出将栖霞真人的名号让给姚湘怜，李玄都考虑之后，同意下来。
李玄都又征求其他人意见之后，初步草拟了除去三位大真人和出仕之人的三十六位真人的人选：张海石、李非烟、陆雁冰、云承宗、宁忆、沈元舟、陆时盈、兰玄霜、柳玉霜、冷夫人、陆时贞、司徒玄略、颜飞卿、苏云媗、张岱山、左雨寒、齐饮冰、唐婉、楼心卿、谷玉笙、百媚娘、姚湘怜、陈眠、纳兰絮、玉盈真人、万寿真人、太微真人、三玄真人、李世兴、钟梧、王仲甫、诸葛錾、萧时雨、玉清宁、魏臻、石无月。
其余齐王门客、李太一等人，则打算出仕，进入大玄朝廷。
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