也决不能失掉我的气节“，只此一句话，得罪了上司。在京闲置了一年，到第二年才授以六品官阶的南京兵部主事。
天启三年(1623)邹维琏调进北京，起用为兵部主事。此时，正值魏忠贤为代表的阉党把持朝纲。他素闻阉党种种罪行，十分不满，遂成为明代另一与阉党抗衡的政治团体--东林党的一员。
天启四年(1624)左副都御史杨涟上疏，列举魏忠贤二十四大罪状，竭力弹劾。平日痛恨魏忠贤的人，上至首辅叶向高，下至各省部寺官员也纷纷写状弹劾魏忠贤。魏忠贤忙求皇帝和客氏(皇帝乳母)的支持，假托圣旨，指斥杨涟，将他革职罢官，投入大狱。一时满朝文武官员，个个胆战，人人自危。在这举朝上下默言俯首之时，邹维琏挺身而出，毫不畏惧地递上《劾魏忠贤疏》。
他严劾权势熏天的魏忠贤，九千岁怒了，以朋党之罪将他远戍施州(今贵州省正安一带)。
天启七年(1627)八月，崇祯皇帝嗣位。他即位不到三个月，便彻底铲除了以魏忠贤为首的阉党势力。这年终，邹维涟受诏回京，举为南京通政参议，不久升为太仆寺少卿。
崇祯皇帝知道邹维琏的为人，着他任闽抚，他还没接印正式上任，就在官亭上看过诸位官员的手本，冷然道：“福建海防游击颜常武何在？！”
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