果断将其处死，追随郑芝龙投降清廷的全家老小一个没有幸存，降清的郑芝豹则被囚禁在宁古塔至死。
朱慈烺留郑芝龙父子性命，主要是为了考虑台湾问题和郑家的几千艘海贸商船。
郑家的水师将会被改编为平番舰队，继续在福建一带镇场子，由郑鸿逵接任平番舰队总兵，收拾郑家残局。
朱慈烺也准备在福建马尾和广东广州各建一座大型造船厂，以扩充平番舰队的实力。
郑家的财权和军权一向相辅相成，正如郑芝龙所说：“三关饷取之臣，臣取之海，无海即无家。”
郑家的海贸船队绝不能让郑鸿逵再插手，否则就会出现另一个郑芝龙。
朱慈烺最终选择了朱成功接任郑家海贸船队，作为郑家的大公子，接任家主理所当然，谁都没话说。
不过朱成功现在要跟着自己混一段时间，一边敲打一边培养，将来上阵杀洋鬼子，现在郑家所有海贸船队由皇家集团代为管理.....
听闻郑家要被夷三族，朱成功惊骇道：“太子殿下，您能否只诛首恶，放过他们的妻小？”
只诛首恶？郑芝龙吓了一哆嗦，立即瞪眼道：“逆子，你想做什么？”
朱成功没理会他，继续以恳求的神情看向朱慈烺。
朱慈烺淡淡道：“记得有人曾说过：俗话说无毒不丈夫，南京城里的那位太子，十三岁便杀了自己的亲外公，他能赢我郑家不是没有道理的。”
闻言，二人刹那间怔住了，当日在郑府后堂中的父子对话，竟然被皇太子所得知，朱成功第一时间看向郑芝龙，却发现郑芝龙同样以惊骇的眼神看着自己。
时值寒冬腊月，平台上微风浮动，酷寒冷峻，然而郑芝龙和朱成功二人的心却比外面的天气更冷，打心底的发寒，二人第一次真切的感受到眼前这位青年的可怕。
朱慈烺走到朱成功的身旁，拍着他的肩膀，轻声道：“既然把我都看得如此明白了，为何还要求情，我们很熟吗？还是你是想试探本宫的底线？”
朱成功噗通一声再次跪倒在地，连声道：“成功不敢......”
朱慈烺负手而去，登上龙辇时回头说道：“少在本宫这耍心眼，对你和郑家没有任何好处，有那股子聪明劲，多去办点实事吧。”