因朱翊钧时间有限，因此内廷行走大臣陈矩从侍从室选出数人，按照朱翊钧的意见，配合张鲸等起草、制定规章制度。
此次整改，将内府工商集团自上而下作出兴革。首先在侍从室设立计财处，专门为皇帝理财。计财处内设人事科、资产管理科、运营科、监察科、综合机要科，共有一百六十人。
整个计财处由张鲸掌总，类似于后世的国资委，但是比国资委权责小得多，只负责全国的皇厂、盐场、皇店等皇家产业。
明确管理机构以后，朱翊钧将整个集团拆分，成立钢铁管理集团，下辖所有钢铁厂；成立玻璃总厂，下设分厂等等。
这些分厂全部建立健全独立自负盈亏的财务制度，按照计财处的统一规划调整生产。同时加强计财处监察力量，强化财务和反腐败监督。
朱翊钧殚精竭虑，将后世公司的管理手段尽可能的因地制宜，放在大明朝使用。由于本时空此际无法做到长距离的信息沟通，因此除了设立分厂之外，还将设置在各采矿、收集物资等处的原料提供方也进行分离，财务独立后，试行自由竞争。
朱翊钧深知，即使在二十一世纪，大国企的绩效和民营比起来也无法竞争。因此，他还是将大部分精力投入到技术升级之上，现阶段，只能用领先几步的技术手段来引领万历朝的工业化。
除了厘清现有的皇厂皇店体系，朱翊钧另外对武器生产也投注大量精力。
万历四年春天立下击灭董秃子首功的，还不是咬住了董秃子主力的女真骑兵队，而是一千二百装备了前装燧发滑膛枪的蓟镇龙骑兵。经过三年多的努力，包括纸壳定装药在内的鸟铳升级版终于定型生产，第一批产品就交给了蓟镇。
明代的火器在宋、元发展的基础上，跃升了一个大台阶。基本上和西方保持同等进步速度。隆庆年间，火器已居明军装备之半数。戚继光的部队，火器配比达到了惊人的六成半。
而且以神机营为代表的火器部队，标志着整个明军的战略、战术都围绕着火器了变革。而戚继光所言“有精兵而无精器助之，是为徒强”以及他对火器的高度重视，开发出来的各类战法，都说明此际的中国和西方国家相比，火器的发展并未落后，甚至可以说并驾齐驱。
但因为没有理论指导，明代火器的发展也呈现百花齐放，威力不足的特点。
朱翊钧穿越过来以后，很快指出了火器发展的问题，将三眼铳、一窝蜂、喷火箭等火器制造一律裁撤，以鸟铳为本，专攻火药制取、铳管材质、定装火药、燧发、后装等方向。
关于大炮的改进方向，朱翊钧指导兵仗局，从火炮用药、炮子和炮管材质以及气密性上下功夫，总而言之和鸟铳一样，必须射击更远、装弹更快，威力更强。
至于掷弹兵方向，朱翊钧指导工匠利用石油粗加工产品生产火油瓶和铸铁手榴弹两种产品，一种用来放火，一种爆炸伤敌——这两种技术水平很低，最先完成改进。
经过三年的努力，由于火药制取和钢铁冶炼方面终于取得长足进步，加上朱翊钧长期坚持重赏能工巧匠，激发了明代工匠的创新热情——万历三年，新版鸟铳“万历十四型”终于定型生产。
该枪在发火方式上，改进了已经装备明军的自生火铳，与自生火铳不同的是，加入待发机构，使其更加可靠。另外，为了尽量做到防雨，又加装了龙头盖，可将燧石至于盖下——仅能防小雨。
在火药方面，朱翊钧开始以为明代并无颗粒火药，后来才知道有，就是制作非常麻烦：需要人工将配好的火药在木槽中碾上五千五百遍，然后再加上烧酒和成泥，接着碾几百遍，最后做成药饼，再分割置于圆筒内滚动成丸。
这个效率朱翊钧肯定接受不了，但他也不知道如何改进——也没有精力去深入研究。只能加大悬赏力度，终于有工匠在悬赏的刺激下，发明了悬吊碾磨工具：
以铁箍固定的木架，上面固定数根带有很强弹力的木杆，边上按上手摇齿轮。摇动齿轮时，弹性杆被带动向下击打槽内的火药——因弹性杆的弹性，会自动复位，如此周而复始，一人之力可胜以前数十人。
后来又有工匠将手摇杆做成圆形宽大车轮形状，内设凹槽，以皮带和水车连接——直接将人力都省了。
仅此两项发明，两位工匠直接进入小康。这火药碾磨之法，调整力度后，也可用于舂米，于是大江南北，此法被迅速铺开。
值得一提的是，当时明代制作火药的配比虽然接近最佳配比，但还是有一定的差异。朱翊钧直接给出了后世小学生都知道的答案。他同时要求工匠，对火门用药以及大炮用药继续试验，并最终确定了，还是他给出的比例完全正确。
在枪管方面，材质是最好解决的。由于朱翊钧当税收征管的时候，各种钢厂——高端的特种钢厂，还有低端的“三高”钢厂他都去过，也仔细查过其原料和工艺，以利于核算成本查清其是否漏税，因此他给大明带来的第一项材料学的变化，即是推动了钢铁制造业的大发展。