事情还得从头说起，黄公公、霍重楼两位以钦差副使身份，大张旗鼓的来到扬州开展调查。
此时开府淮安的文武两位漕运大臣都已莅临扬州，文官漕运总督李肱对黄、霍两位不冷不热，而平江伯漕运总兵官陈王谟则积极配合，帮着调阅案卷、提审涉案人员。
案发之后，漕运总督衙门、扬州府和锦衣卫都进行了周密细致的调查，互为补充、互相印证，将已知案情的全貌呈现出来：
十一月二十八曰，冬解船队从浙江省城杭州出发，由江南运河北上，船队除了进贡大内使用的粮食、土仪之外，还装载着最重要的货物：全省秋征所获应交往京师太仓库的折色银三十二万两。
十二月一曰船队抵达苏州，停泊一夜，又装上了苏州、松江两府的漕银。
四曰到常州、七曰抵镇江，都照例停泊，加载两府冬解的漕银，此时漕银总数已达五十万之巨。
按照计划船队的下一站将是扬州，然后继续北上，直抵京师，到太仓库交卸，才完成了这趟遥远的旅程。
但船队没能顺利抵达扬州，因为从镇江北渡长江，由瓜洲进入泾运河之后，停泊三湾的一夜之间，整整五十万两漕银不翼而飞——当天凌晨，有名押运把总无意间发现运载库银的漕船吃水线低了不少，浮在水面上的船身高了一截，吃惊之下当即约集另外三名把总查点银箱，却惊讶的发现本来应该装满的箱子，竟然已经空空如也。
这冬解的漕船队，沿途都有大量兵丁保护，随船押运的士兵也很多，另外驾船的船工、拉船的纤夫，可以说千万双眼睛盯着，奇怪的是，当夜竟然没有人发现异状，不声不响，银子就消失不见了。
怎么可能呢？五十万银子，足足三万多斤，就拿壮汉来挑，也得一两百号大汉才能搬走；至于漕船本身就更不可能做什么手脚了，随船的大批船工和押运兵丁都不是瞎子、聋子呀！
所以闻讯之后星夜从淮安府赶来的文武两位漕运大臣，一致认为出了内歼，把负责押运的几名把总、若干兵卒，乃至船工、纤夫通通锁拿，又下了火签，用七百里飞骑到沿途抓人，把涉案的官员通通抓了起来。
毫无疑问，所有的人都不承认和漕银失窃有关，漕军和民夫互相推诿扯皮，江北直隶和江南直隶四员押运把总互相指责，完全是一片乱麻毫无头绪，而官方连白莲教到底用什么办法偷走了银子都弄不清楚，更是两眼抓瞎。
许多银子不见踪影，担心被藏在水里面，扬州府调集人力，用滚钩、铁爪打捞，无论运河河底还是长江之中都一无所获，只捞起些江底污泥；锦衣卫系统也不是吃干饭的，立刻调遣力量秘密侦查，调查所有的青楼赌档，提审原来捕获的白莲教徒，不过至今毫无进展。
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