朱翊钧让李时珍进京，其实是相中了他所创造的人为分类方法，这是一种按照实用与形态等相似的生物和矿物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科学方法。
在朱翊钧看来，李时珍能和祖冲之并列，在世界科学史上享有崇高地位，根本不足为奇。《本草纲目》虽然谬误不少，但其科学分类方法比西方现代植物分类学创始人林奈的《自然系统》早了一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”。对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展产生的深远的影响，可谓无远弗届。
后世的生物学学生，将界、门、纲、类、科、属、种七种分类背的滚管烂熟，觉得天下万物井井有条，想当然的就认为此种分类方法很简单。
殊不知在人类文明史上，分类学正是科学的萌芽之始。中国人之所以将科学命名为“科学”，即取意“反映自然、社会、思维等的客观规律的分科之学”。一句话，无分科无以成学！
华夏先民最早的生物分类记载于西周，比西方科学家林内的生物分类方法少了两种，却领先两千年。
之后的中国分类学思想体现在诸多文献之中，而最为璀璨的，即为《本草纲目》。无论其中记载了多少谬误，仅在生物、矿物分类学上的思想，足以光耀千古。
朱翊钧在后世党校的学习内容，不仅是简单的飞梭和珍妮机诱发工业革命之类的初中历史。
他记得很清楚，一次在党校上课时，一个年轻的女教师旁征博引，讲述了欧洲贵族和部分附庸风雅的资产阶级，在地质、矿物、生物乃至昆虫等方面的爱好研究，大大促进了新的地理发现，并为现代科学奠基。
后世工业革命和启蒙思想催发的第一批成果，即为欧洲有闲阶级流行的科学考察和探险。
他们一方面资助数学家和科学家，一方面自己也从事地质、矿物、生物等方面的粗浅研究，这直接诱导了化学和物理学的大踏步前进。而最开始的那批有钱人，都是从看似简单的地质、矿物和生物分类开始做起。
后世达尔文曾受益于《本草纲目》，将之称为“中国古代百科全书”。——而后世的某些中国人，那些拿着《大英帝国百科全书》、《美国国家地理杂志》放在书房内的附庸风雅之徒，何曾有一个在旁边放着《墨经》、《本草纲目》、《考工记》、《水经注》、《梦溪笔谈》、《天工开物》等等数之不尽的中华瑰宝？
朱翊钧让李时珍返京，除了要利用这个时代为数不多具有科学素养的大脑之外，还要利用他喜欢考证、钻研的性格，从事对牛痘的研究。
明代嘉靖初年之后，天花在帝国广泛流行。朱翊钧在万历二年初曾经接奏报，宁国府有医名傅思川者，掌握“人痘熟苗”之法，以为小儿种痘获利，“百余小儿种痘，仅一、二不存。”
朱翊钧不知道的是，从傅思川手中流传出去的人痘术，简直是以光速传播到阿拉伯世界，又把西方从天花肆虐中给挽救了出来。
人痘曾经被大哲学家伏尔泰这般评价：“我听说一百年来，中国人一直就有种痘的习惯；这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”在西方思想启蒙发生之时，若没有傅思川的人痘术，不知多少人才将死于天花病毒。
这奏报提醒了朱翊钧，必须将牛痘在帝国的普及提上日程。他知道天花是人类消灭的唯一一个传染病，也知道其疫苗来源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的脓液来种痘，是否可行。
于是他将傅思川从宁国府召入京师，指导一番后，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法来源于其祖上，自己并无科研能力，用摆弄人痘的方法来从事牛痘的藏苗和贮苗，无一成功。
此时，朱翊钧又想起了李时珍，即下令锦衣卫湖广局寻找他，并让他进京——但因为湖广局开始时没跟李时珍说清楚，到了八月底李时珍才进京接了这个任务。
比李时珍提前进京的，还有“医圣”万全万密斋、精通外科的陈实功等多名此时已经名显当世的医学大家。
万全虽此时已经年逾古稀，但在皇帝谕旨召唤之下，还是将包括《内科要诀》、《幼科发挥》、《育婴秘诀》在内的《万密斋医书十种》包在行李内，和六个徒弟一起带到了京城。
因为名显天下，万密斋一进京，满京城轰动。这勋贵重臣之家，险些把帖子和礼物堆满了万全赁居的宅子。因为这老头医德高尚，“视人之子如己之子”，不会拒绝人，这请他去看病的从第一天开始就排到了两个月之后。
朱翊钧见不是头，怕他累着了，连忙派人将他请进宫，又如同菩萨一样供奉在太医院。这太医院的诸位太医见万密斋来了，连争胜的念头都没有，个个扁扁的服，把老爷子哄得日日开心，一点都不水土不服。
让万密斋给两宫太后和自己检查了身体，并上了一堂养生课之后。朱翊钧正式召见万密斋、陈实功等人，将自己的目的和盘托出——要趁着此际手头宽裕的机会，重立太祖初期设立的医学提举司，并设立明代第一个真正意义上